Yasayla kapatılan periyodun özel yetkili İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesince 5 Ağustos 2013’te verilen kararda, eski Genelkurmay Lideri emekli Orgeneral İlker Başbuğ müebbet, Vatan Partisi Genel Lideri Doğu Perinçek ağırlaştırılmış müebbet, emekli Tuğgeneral Veli Küçük 2 defa ağırlaştırılmış müebbet ve 99 yıl mahpus, Tuncay Özkan ağırlaştırılmış müebbet ve öteki hatalardan 22 yıl 6 ay mahpus, emekli Orgeneral Hurşit Tolon müebbet, Danıştay saldırısının faili Alpaslan Arslan 2 kere ağırlaştırılmış müebbet, avukat Kemal Kerinçsiz ağırlaştırılmış müebbet, Mehmet Haberal 12 yıl 6 ay, Mustafa Balbay 34 yıl 8 ay mahpus, Sinan Aygün 13 yıl 6 ay mahpus cezasına çarptırılmıştı. Öteki sanıklar da çeşitli oranlarda mahpus cezasına mahkum edilmişti.
Bazı sanıklar, davaya bakan ve kapatılan özel yetkili mahkemenin gerekçeli kararını yazmasının 7 ay sürmesi nedeniyle Anayasa Mahkemesine (AYM) ferdî müracaatta bulunmuş ve yüksek mahkeme de “sanıkların haklarının ihlal edildiğine” hükmetmişti. İhlal kararı üzerine, maddeyle kaldırılan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi yerine müracaatları inceleyen nöbetçi mahkemeler, tutuklu sanıkları tahliye etmişti.
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinin karardan 7 ay sonra 16 bin 600 sayfadan oluşan gerekçeli kararının taraflara bildirim edilmesinin akabinde belge, temyiz incelemesi için Yargıtay 16. Ceza Dairesi’ne gönderilmişti. Temyiz duruşmaları, 6 Ekim 2015’ten itibaren yapılmaya başlanmıştı.
Yargıtay 16. Ceza Dairesi, 21 Nisan 2016’da verdiği kararla, 13. Ağır Ceza Mahkemesinin kararını, “eski Genelkurmay Lideri emekli Orgeneral İlker Başbuğ’un Aziz Divan’da yargılanması gerektiği tarafındaki itirazının haklı olması, Danıştay saldırısı davası ile Ergenekon davası ortasındaki tüzel ve fiili irtibatın somut kanıtlarla gösterilememesi ve soruşturma, yargılama, kanıt toplama kademelerinde adil yargılanma prensiplerine karşıtlık bulunması” üzere münasebetlerle bozmuştu.
Dosyaya hangi mahkemenin bakacağına ait yaşanan yetki karmaşasının akabinde, Yargıçlar ve Savcılar Konseyi (HSK) tarafından alınan kararla evrak, İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesine gönderilmişti.
Eski hakim ve savcılar FETÖ’den tutuklu yahut firari
“Ergenekon” soruşturmasını yürüten ve meslekten ihraç edilen savcılar Zekeriya Öz ve Fikret Seçen, FETÖ soruşturmaları kapsamında firari olarak aranıyor. Bir periyot soruşturmaya bakan firari sanık Cihan Kansız hakkında da FETÖ üyeliğinden dava açıldı.
Dönemin özel yetkili İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesinde evraka bakan yargıçlar Hüseyin Özese, Hüsnü Çalmuk ve Sedat Sami Haşıloğlu hakkında FETÖ üyeliği hatasından dava açıldı. Özese ve Çalmuk tutuklu bulunurken, Haşıloğlu hala firari olarak aranıyor.
Davaya duruşma savcısı olarak giren Mehmet Ali Pekgüzel ve Nihat Taşkın da FETÖ davaları kapsamında tutuklu bulunuyor.
Ayırma ve düşme kararları
Davanın görüldüğü İstanbul 4. Ağır Ceza Mahkemesi, 21 Haziran 2017 tarihli duruşmada, Yargıtay 16. Ceza Dairesi’nin bozma ilamına uyulmasına karar vererek, Ergenekon dava evrakıyla daha evvel birleştirilen internet andıcı, terörle gayret aksiyon planı ve Danıştay saldırısı belgelerinin ana evraktan ayrılarak diğer temele kaydedilmesine hükmetmişti.
Süreçte hayatını kaybeden 11 sanık ve Yargıtay’ın beraatlerine hükmedilmesini istediği 21 sanığın evrakını ayıran heyet, 6 Temmuz 2017 tarihli duruşmada, Ergenekon ana dava belgesiyle birleştirilen 12 sanıklı Danıştay saldırısı belgesiyle ilgili misyonsuzluk, birinci mahkemece beraat kararı verilen 21 sanıklı belgeyle ilgili beraat ve yargılama sürecinde hayatını kaybeden 11 sanıklı evrakla ilgili de düşme kararları vermişti.
Düşme, ayırma ve beraat kararlarının akabinde mahkeme heyetince dava, 229 sanık üzerinden görülmeye başlanmış ve 11 Eylül 2018’deki duruşmada verilen birleştirme kararlarıyla sanık sayısı 235’e çıkmıştı. 30 Kasım 2018 tarihli 7. duruşmada mütalaasını açıklayan savcılık, Danıştay ve Cumhuriyet gazetesine hücum dava sanıklarının da ortalarında bulunduğu 32 sanığa çeşitli oranlarda mahpus cezası, 199 sanığa beraat, bir sanığa düşme, bir sanığa ayırma, bir sanığa cürüm duyurusu yapılması ve bir sanığa da rastgele bir karar verilmesine yer olmadığı kararı verilmesini talep etmişti.
Süreçte karar verilemedi
Mütalaada, “Ergenekon silahlı terör örgütünün varlığının, kesin ve inandırıcı kanıtlarla kanıtlanamadığı, bu nedenle de varlığı kanıtlanamayan örgütün liderliği, üyeliği ve örgüt ismine cürüm işlenmesinin de kelam konusu edilemeyeceği anlaşılmıştır. Bu haliyle bu dava kapsamında kovuşturmaya husus edilen ‘Ergenekon’ isimli bir terör örgütünün varlığı ispat edilememiştir.” denilmişti.
Sonraki süreçte, sanıkların mütalaaya karşı beyanları alınmış, mahkeme heyetinin her duruşmada karar vermesi beklenmiş lakin duruşmalarda kimi sanıkların savunma yapmaması yahut mazeret sunması nedeniyle son karar açıklanamamıştı.
