Yargıtay’ın bozma kararının akabinde görülen 235 sanıklı Ergenekon davasında karar açıklandı. “Ergenekon örgütünü kurma”, “yönetme” hatasından tüm sanıklar beraat etti. Sanıklardan Alparslan Arslan’a ağırlaştırılmış müebbet mahpus cezası verildi. Sanıklar Osman Yıldırım, Erhan Timuroğlu ve İsmail Sağır’a ise müebbet mahpus cezası verildi.
Yıllar sonra gelen karara CHP’li milletvekillerinden reaksiyon geldi. CHP Küme Başkanvekili Özgür Özel, Twitter hesabından yaptığı açıklamada “Ergenekon’un bu ülkenin aydınlarına yönelik bir kumpas olduğunu birinci günden söyledik. Yaptığımız ikazlara sessiz kalanlar, o gün “davanın savcısıyım”, “ülke bağırsaklarını temizliyor” diyenler, hayatların kararmasından, pakların haksızca yaftalanmasından 1. derece sorumludur.” tabirlerini kullandı. CHP İstanbul Milletvekili Gürsel Tekin ise Twitter’dan “Türlü palavralarla, iftiralarla yola çıktılar. Varolmayan bir örgüte üye olmakla insanları suçladılar. Türkiye’nin yetişmiş aydın, düşünür, bilim insanı, subay ve müelliflerinin özgürlüğünü ve ömrünü çaldılar. Bu ülkeye karşı kabahat işlediler. Tarihe bu türlü geçecekler” diye yazdı.
